В.А. Труфакин внес значительный вклад в развитие сибирской медицинской науки. В 1987-1989 гг. В.А. Труфакин являлся заместителем председателя Президиума СО АМН СССР, в 1989 -1991 гг. возглавлял Президиум Сибирского отделения АМН СССР. С 1991 года по 2012 год В.А. Труфакин являлся вице-президентом Российской академии медицинских наук, председателем Сибирского отделения РАМН.